Çevre ve Şehircilik Bakanlığı’nın Gemilerden Atık Alınması ve Atıkların Kontrolü Yönetmeliği yönergelerince Asyaport Liman A.Ş. bünyesinde atık kabul tesisi faaliyet göstermektedir. Gemilerden kaynaklanan atıkların denizleri kirletmesini önlemek amacıyla imzalanmış olan MARPOL 73/78 sözleşmesi gereğince Ek - 1 (Sintine Suyu, Slaç ve Atık Yağ) Ek – 4 ( Pis Su) Ek – 5 ( Plastik, Evsel Atık, Yemek Atıkları, Operasyonel Atıklar ve Pişirme Yağları) atıkları Asyaport’a uğrak yapan gemilerden, tesise kabul edilmektedir. Atık Kabul tesisine 2016 yılı içerisinde 190 gemiden atık alımı yapılmıştır. Gemilerden kabul edilen atıkların %22’si yeniden kullanılabilecek atık yağ geri kazanımına, %11’i enerji geri kazanımı yapılacak şekilde bertarafa ve %47’si alınan atıkların susuzlaştırılması sonucu oluşan atıksular, tesis bünyesinde bulunan Kimyasal Atıksu Arıtma Ünitesinde Su Kirliliği Kontrolü Yönetmeliği hükümlerine uygun olarak ön arıtım yapılıp, ilgili atık su arıtma tesisine gönderilerek bertaraf edilmiştir.